- e -

• error() : io.c , shiba.h

- f -

• free2d1_c() : io.c , shiba.h
• free2d1_i() : io.c , shiba.h

- h -

• help() : io.c , shiba.h

- m -

• main() : main.c
• mem1d_d() : io.c , shiba.h
• mem1d_i() : io.c , shiba.h
• mem2d1_c() : io.c , shiba.h
• mem2d1_i() : io.c , shiba.h
• mem2d_d() : shiba.h , io.c
• mem2d_i() : shiba.h , io.c
• mem3d_d() : io.c , shiba.h
• mem3d_i() : io.c , shiba.h

- p -

• parseNewick() : newick.c , shiba.h
• phyloToLineage() : shiba.h , newick.c
• printIndata() : shiba.h , io.c

- r -

• readArgs() : main.c , shiba.h
• readXML() : io.c , shiba.h